Nel cuore della laguna si trova l’isola di Mothia, antica colonia fenicia dell’ VIII secolo a.C., florido centro commerciale di collegamento verso le rotte della Spagna e dell’Italia centrale, diviene per la sua la felice posizione geografica, al centro del Mediterraneo oggetto di interesse di  Greci e Cartaginesi  in lotta per il predominio della Sicilia, che la vedono coinvolta e definitivamente distrutta nel 397 a.C. quando Dionisio il Vecchio tiranno di Siracusa  la conquista costringendo gli abitanti a fuggire dall’isola e a ripiegare nella vicina Lylibeo.

Il  museo creato da Giuseppe Whitaker, primo archeologo dell'isola, di origini inglesi nato (1850) e cresciuto a Palermo, conserva numerosi reperti degli scavi archeologici da lui compiuti a Mozia, Birgi e Lilibeo, oggetti recuperati in seguito a lavori agricoli, altri provenienti da donazioni e da acquisti effettuati sul mercato antiquario.Al suo interno troviamo un superbo gruppo in pietra con due leoni che azzannano un toro, una maschera ghignante, di significato apotropaico, vasi in pasta vitrea policroma, di tipo greco e punico, stele funerarie. Nella sala con il lucernario, vecchio cortile della palazzina Whitaker, si  trova la famosa statua marmorea del cosiddetto "Giovane di  Mozia", rinvenuta il 26 ottobre 1979, nel settore nord -orientale dell'isola. Realizzata in marmo bianco, a grana grossa cristallina, di provenienza microasiatica, la scultura è alta, allo stato attuale cm. 181. Tra i reperti, anche umili manufatti quali strumenti da lavoro domestico, e tanti altri oggetti di uso comune che documentano i molteplici aspetti della vita quotidiana.